Prinsip Seleksi
Suatu karakter baik itu karakter yang baik maupun karakter yang buruk ditentukan oleh genotipe ternak itu sendiri dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan dimana ternak itu dipelihara. Untuk mendapatkan jaminan dan kestabilan ekspresi potensi yang tinggi maka perlu dilakukan seleksi pada sifat genetik yang tentunya akan disertai sifat morfologis secara otomatis.
Dalam suatu spesies sifat atau karakter dari individunya sangatlah bervariasi/beragam. Hal ini disebabkan oleh :
– tempat hidup yang berbeda-beda yang menyebabkan ekspresi gen yang sama bisa berbeda, daya dan arah mutasipun berbeda-beda.
– bila kesempatan kawin acak tinggi maka makin heterozigotlah genotype individu nya, sehingga banyak sifat-sifat yang baik maupun yang buruk tersembunyi oleh keheterozigotan genotipnya.
Seleksi merupakan suatu proses dimana individu-individu tertentu dalam suatu populasi dipilih dan diternakkan untuk tujuan produksi yang lebih baik (segi kuantitas dan kualitas) pada generasi selanjutnya.
Seleksi merupakan dasar utama dalam pemuliaan ternak. Akibat seleksi dalam populasi adalah meningkatnya rataan dalam suatu sifat ke arah yang lebih baik dan diikuti oleh peningkatan keseragaman atau dengan perkataan lain penurunan keragaman atau simpangan baku.
Melakukan seleksi merupakan aktifitas para pemulia yang paling penting karena merupakan dasar utama dari pemuliaan yang meliputi aktifitas :
- Menentukan ternak mana yang akan dipilih pada tiap generasi yang akan dipakai sebagai tetua untuk generasi berikutnya.
- Menentukan apakah semua ternak yang dipilih akan dibiarkan mempunyai keturunan yang banyak atau tertentu saja.
Fungsi dari seleksi dalam suatu populasi adalah mengubah frekuensi gen yang ada dalam populasi tersebut. Seleksi yang konsisten untuk suatu sifat yang diinginkan seperti laju pertambahan bobot badan per hari akan meningkatkan frekuensi gen yang menentukan pertambahan bobot badan yang tinggi dan tentunya frekuensi gen tsb sehingga rata-rata populasi akan berubah.
Secara umum seleksi dapat dibagi atas dua macam, yaitu :
- Seleksi alam (natural selection) dimana seleksi terjadi secara spontan akibat pengaruh alam.
- Seleksi buatan (artificial selection) seleksi terhadap ternak/hewan yang dilakukan oleh manusia untuk memenuhi kebutuhannya.
Seleksi alam
Digambarkan pada kejadian yang dialami oleh ternak-ternak liar yang mampu meneruskan hidupnya pada kondisi alam yang berubah-ubah. Seperti adanya musim yang berbeda, bencana alam ( seperti gempa bumi, gunung meletus, banjir, dsb.), musuh alam, keadaan pasture, temperature, penyakit dan parasit. Dalam hal ini dikenal adanya istilah The survival of the fittest (yang kuat/mampu mengatasi pengaruh alam yang berhasil hidup/berbiak).
Seleksi alam merupakan proses yang kompleks dan banyak factor yang menentukan perbedaan antara individu dalam populasi seperti : mortalitas, periode aktifitas seksual, fertilitas, dsb.
Dengan adanya ternak yang berhasil mengatasi pengaruh alam tersebut, maka secara tidak langsung alam telah menyeleksi ternak-ternak dalam populasi tertentu.
Seleksi buatan
Seleksi ini dilakukan oleh manusia, mana ternak yang dipilih utnuk diternakkan dan mana ternak yang tidak produktif lagi ditinjau dari kebutuhan dan tujuan manusia itu sendiri. Dalam hal ini seleksi alam masih mempunyai pengaruh.
Akibat seleksi buatan adalah adanya perbedaan (dari segi kuantitatif dan kualitatif) breed dan tipe ternak dalam suatu species.
Metode Seleksi
Dalam melaksanakan seleksi untuk tujuan pemuliaan ternak ada beberapa metode yang dikenal dan dilaksanakan oleh para pemulia ternak untuk memperoleh performans yang maksimum dari populasinya baik untuk ternak bibit maupun ternak komersial.
Ada empat buah metode seleksi yaitu :
- Tandem method
- Independent culling Level
- Indeks
- MPPA/ERPA
1. Tandem method
- Seleksi dilaksanakan secara bertahap dari bebrapa sifat/performans yang dipertimbangkan.
- Seleksi suatu sifat tertentu dilaksanakan dari generasi ke generasi berikutnya secara kontinyu, sampai sifat tersebut mencapai performans maksimal. Lalu dihentikan, lanjut dengan seleksi sifat yang lain, juga secara kontinyu dari generasi ke generasi, begitu seterusnya.
- Efektif apabila dilihat dari segi progress masing-masing sifat yang dikehendaki.
- Efisiensinya tergantung pada korerlasi genetic antara sifat yang dikehendaki.
- Kebaikan : efektif dan efisien (tergantung korelasi)
- Keburukan : waktu lama
- Metode ini jarang dipergunakan
2. Independent culling Level
- Seleksi dilakukan terhadap beberapa sifat yang dianggap ekonomis secara bersamaan.
- Contoh : seleksi calon induk babi berdasar jumlah anak yang dilahirkan (litter size) dan berat lahir anaknya. Dari 50 ekor induk yang tersedia dipilih 20 ekor induk
- Setiap induk dicatat data jumlah anak yang dilahirkan
- Setiap anak yang lahir ditimbang bobot badannya (dilihat performans berat lahirnya)
- Diadakan ranking terhadap 50 ekor induk berdasarkan jumlah anak yang dilahirkan
- Diadakan pemilihan 35 ekor induk dengan ranking teratas, 15 ekor diculling.
- Diranking lagi berdasarkan rata-rata bobot lahir anaknya
- Dipilih 20 ekor induk ranking teratas, 15 ekor diculling
- Keburukan :1. Improvement lebih rendah/lambat dari tandem method
2. Terjadi kehilangan kesempatan memperoleh performans sifat kedua (berat lahir), karena mungkin saja yang masuk 15 terbawah berat lahir anak lebih tinggi daripada yang masuk 35 ranking atas berdasarkan jumlah anak. Begitu juga sebaliknya dari yang dipilih sebanyak 20 ekor ranking atas, kemungkinan 15 ranking bawah jumlah anak lebih banyak.
Kebaikan : efisiens karena menyeleksi sifat sekaligus secara bersamaan.
3. Indeks
– Selection Index
Metode ini menyangkut penentuan nilai masing-masing sifat yang diseleksi dan nilai-nilai ini akan memberikan sejumlah score (nilai) yang menjadi indeks ternak yang bersangkutan.Ternak dengan total score tertinggi (indeks) tertinggi dipilih untuk tujuan seleksi. Penting diperhatikan adalah masing-masing sifat memiliki koefisien (bobot) yang berbeda-beda tergantung pada nilai ekonominya. Penentuan koefisien masing-masing sifat dipengaruhi oleh banyak factor menyangkut demand konsumen, harga pasaran, biaya produksi, dsb. Sehingga penentuan koefisien secara kasar dapat diperkirakan berdasarkan atas persentase saja dengan mengingat total koefisien semau sifat yang dipakai untuk menentukan indeks adalah 1 atau 100%.
Contoh : seleksi calon pejantan sapi Bali dari populasi berdasarkan berat lahir dan berat sapih. Penentuan indek bobot sapih lebih tinggi dari berat lahir karena berat sapih berhubungan dengan laju pertumbuhan sampai dewasa.
Misal koefisien berat lahir = 0,4 dan koefisien berat sapih = 0,6
Indeks = aX1 + bX2 X1 = berat lahir
X2 = berat sapih
a = koefisien berat lahir
b = koefisien berat sapih
Maka indeks masing-masing sapi dapat dihitung :
I = 0,4X1 + 0,6X2
Contoh indeks pada beef cattle menurut Rice et.al (1970) adalah
I = X1 + 7,72X2 X1 = berat sapih
X2 = score tipe/konformasi
– The equal-parent index
Menentukan nilai pejantan dari data anak-anaknya dan data induk (serupa dengan progeny test)
Rumus : I = Daughter average + (Daughter average –Dam average)
– The Showing selection
Banyak dilakukan di negara maju. Pada prinsipnya sama dengan pemilihan para ratu kecantikan.
Segi positif :
- Merupakan cara terbaik membentuk tipe ternak tertentu
- Iklan terbaik bagi peternak yang akan menjual ternaknya
- Arena untuk bertukar pengalaman antar peternak
- Rangsangan bagi peternak untuk perbaikan ternaknya dengan cara membandingkan ternaknya dengan ternak lain.
Segi negative :
- Bisa terjadi sterilitas sementara (obesitas) akibat penggunaan cara penggemukan untuk mendapat konformasi ideal.
- Sering terjadi tindakan yang mengelabui para juri terhadap sifat-sifat ekteriur yang dapat mengurangi nilai, padahal mungkin sifat itu menurun tetapi dihilangkan dengan operasi.
- Ekteriur baik belum tentu produktivitasnya baik.
4. MPPA (Most Probable Producing Ability) / ERPA (Estimated Real Producing Ability)
Adalah suatu cara untuk menduga kemampuan berproduksi seekor sapi perah betina. Kedua metode ini pada prinsipnya adalah sama.
a. Metode MPPA
Rumus MPPA = – )
Keterangan :
MPPA = Most Probable Producing Ability
n = Jumlah pengamatan (laktasi)
r = Angka pengulangan
= rataan produksi sapi yang diukur
= rataan produksi populasi
b. Metode ERPA
Rumus ERPA = – H)
Keterangan
ERPA = Estimated Real Producing Ability
H = Rataan produksi herdmatenya
Jadi perbedaan MPPA dan ERPA adalah bahwa pada MPPA, rataan produksi sapi betina diperbandingkan dengan produksi populasinya. Sedangkan pada ERPA dibandingkan dengan produksi herdmatenya. Herdmate adalah semua induk dalam suatu peternakan yang sama, yang beranak dalam waktu relative bersamaan, tetapi bukan saudara tiri sebapak.
Pertemuan Ke : 5
Pokok Bahasan : Frekuensi Gen, Genotip dan Fenotip
Hukum Hardy-Weinberg
Untuk memudahkan pengertian tentang peran gen dalam populasi ternak terhadap perubahan fenotip/kinerja sifat dari generasi ke generasi akan digunakan pembahasan terhadap sifat yang ditentukan oleh pasangan gen yang sederhana (single).
Konsep utama dalam genetika populasi adalah terletak pada apa yang diistilahkan dengan ”frekuensi gen”.
Dalam hal ini Hukum ”Hardy-Weinberg” (Hardy-Weinberg Equilibrium) menyatakan bahwa : Pada populasi ternak yang besar yang perkawinannya terjadi secara random/acak atau tidak diseleksi maka frekunsi gennya akan tetap/stabil dari generasi ke generasi.
Yang dimaksud dengan frekuensi gen adalah jumlah adanya gen tertentu dalam populasi yang dinyatakan sebagai bagian dari seluruh jumlah gen dalam populasi tersebut (singkatya adalah perbandingan jumlah gen tertentu dengan jumlah seluruh gen dalam populasi tersebut).
Disamping frekuensi gen, maka akan bisa dijumpai frekuensi genotip dan frekuensi fenotip yang sudah tentunya berturut-turut merupakan bagian dari jumlah genotip dan jumlah fenotip.
Contoh :
Dalam populasi yang terdiri dari 4 ekor ternak misalnya : 1AA, 2 Aa dan 1 aa, maka :
jumlah fenotip adalah :
– 3 (1 merah, 2 merah muda dan putih) bila dominan tidak sempurna
– 2 (merah dan putih) bila dominan sempurna terhadap a
Jumlah genotip adalah :
4 (1 homozigote dominan, 2 heterozogote dan 1 homozigot resesif)
Gen adalah : 8 (4 x 2 per individu)
Sehingga :
– Frekuensi gen A = 4/8 = 0,5 dan frekuensi gen a = 4/8 = 0,5
Frekuensi genotip homozigot dominant = ¼ = 0,25
Frekuensi genotip heterozigot = 2/4 = 0,50
Frekuensi genotip homozigot resesif = ¼ = 0,25
– Frekuensi fenotip merah = ¾ = 0,75 Pada kondisi dominan sempurna
Frekuensi putih = ¼ = 0,25
– Fenotip merah = ¼ = 0,25 pada kondisi dominan tidak sempurna
Fenotip merah muda = 2/4 = 0,5
Fenotip putih = ¼ = 0,25
Dari contoh di atas frekuensi gen A = 0,5 dan frekuensi gen a = 0,5
Apabila persilangan terjadi antara ternak jantan dan betina yang masing-masing frekunesi gen gametnya 0,5 maka hasil keturunannya adalah sebagai berikut :
| Gamet Jantan |
|
Gamet betina |
0,5 (A)
0,5 (a) |
0,5 (A)
0,5 x 0,5 = 0,25 AA
0,5 x 0,5 = 0,25 Aa |
0,5 (a)
0,5 x 0,5 = 0,25 Aa
0,5 x 0,25 aa |
Ini akan memberikan : 0,25AA : (2 x 0,25) : 0,25 aa
Pada kondisi dominan sempurna akan terlihat 0,25 + 0,5 = 0,75 sifat dominan (AA & Aa) dan 0,25 sifat resesif (aa).
Pada kondisi dominan tidak sempurna terlihat fenotip 0,25 merah : 0,5 merah muda : 0,25 putih (perbandingan 1 : 2 : 1)
Bila perkawinan terjadi pada frekuensi gen yang tidak sama maka :
| |
Gamet jantan |
|
Gamet betina 0,7 (A)
0,3 (a) |
0,7 (A)
0,49 (AA)
0,25 (Aa) |
0,3 (a)
0,21 (Aa)
0,09 (aa) |
Hasilnya :
0,49 (AA); 0,42 (Aa); 0,09 (aa) Frekuensi genotip
0,69 merah ; 0,42 merah muda; 0,09 putih Frekuensi fenotip (Dominan, tak sempurna)
0,91 merah : 0,09 putih frekuensi fenotip bila dominansi sempurna)
Prosedur secara umum dapat dilihat sebagai berikut (Hardy-Weinberg Law)
Bila frekuensi gen normal (N) = p
Frekuensi gen abnormal (n) = q
Maka kita bisa memprediksi hasil persilangan dengan rumus : (p + q)2 berarti = p2 + 2pq + q2
Lengkapnya = p2 (NN) : 2pq(Nn) : q2 (nn)
Sebaliknya kita akan bisa memprediksi frekuensi gen atau genotip dari fenotipnya
Contoh :
Dari 100 ekor populasi sapi Bali terdapat 96 ekor warna standar dan 4 ekor albino (putih), maka kita akan bisa memprediksi frekuensi gen albino pada populasi tersebut = q2 = 4/100
q = V4/100 = V0,04 = 0,2
berarti frekuensi gen normal p = 1-q = 1 – 0,2 = 0,8, karena p + q = 1
Dari frekuensi gen yang diperoleh bisa diketahui jumlah fenotip normal yang homozigot (NN) = p2 = (0,8)2 = 0,64 x 100 ekor = 64 ekor
Yang heterozigot (Nn) = 2pq = 2 x 0,8 x 0,2 = 0,32 x 100 ekor = 32 ekor
Dalam Hukum Hardy-Weinberg
Bila frekuensi gen normal N = p dan frekuensi gen abnormal n = q
Maka : p + q = 1
Frekuensi genotip = (p + q)2 = p2NN : 2pqNn dan q2 nn
Faktor-faktor yang berpengaruh terhadap frekuensi gen dalam populasi ternak
Ada beberapa faktor yang berpengaruh terhadap frekuensi gen :
- Seleksi/culling (pemilihan/pengeluaran ternak)
- Mutasi (perubahan gen yang berakibat perubahan ekspresi (fenotip)
- Migrasi (perpindahan sekelompok ternak dari satu populasi ke populasi lain)
- ”Chance” (karena kebetulan/variasi dalam sampling beberapa kali), ”genetic drift”
1. Seleksi /culling
Seleksi/culling adalah peran dari manusia/peternak dengan tindakan yang dilakukannya untuk mendapatkan ternak/hasil yang lebih baik. Seleksi sangat berperan dalam mengubah produktivitas dan mengurangi frekuensi gen/genotip yang tidak diinginkan yang terdapat dalam populasi.
2. Mutasi
Mutasi adalah perubahan struktur DNA/gen yang mengakibatkan perubahan kode genetik yang dihasilkan sehingga menyebabkan perubahan ekpresi fungsi gen tersebut yang berakibat berubahnya fenotip yang bisa terlihat. Misalnya mutasi suatu gen yang semula berperan terhadap warna bulu ternak merah kemudian akibat gen tersebut mengalami mutasi maka berubahlah fenotip bulu ternak tersebut menjadi putih atau albino. Ini berarti misalnya dari populasi sapi Bali yang semula semuanya berwarna merah bata akibat terjadi mutasi muncul sapi Bali yang albino (berwarna putih). Dengan kejadian ini maka perubahan frekuensi gen pun terjadi dari yang semula frekuensi gen merah bata = 1 (100%) maka akibat adanya ternak albino (putih) jumlah gen merah berkurang dan ada gen putih yang menggantikannya.
3. Migrasi
Perpindahan sekelompok ternak dari suatu daerah ke daerah lain jelas akan merubah fenotip, genotip maupun frekuensi gen dalam kedua ppulasi tersebut. Ada yang berkurang dan ada yang bertambah. Hal ini bisa terjadi secara alamiah atau sengaja dilakukan oleh manusia/peternak untuk tujuan tertentu misalnya untuk meningkatkan variasi fenotip populasi sehingga seleksi lebih efektif bisa dilaksanakan.
4. ”Chance”
Perubahan frekuensi gen bisa terjadi dari waktu ke waktu tergantung pada dinamika populasi ternak yang terjadi. Hal ini bisa terlihat pada hasil antara populasi yang besar (jumlah ternak yang banyak) dan populasi yang kecil /sedikit (”genetic-drift”). Pada populasi kecil fluktuasi perubahan frekuensi gen, genotip maupun fenotip akan lebih besar daripada populasi besar. Ini dapat dilihat pada simulasi perhitungan frekuensi gen dari generasi ke generasi pada populasi besar dan populasi kecil yang perkawinannya secara acak (”random”) tanpa pelaksanaan seleksi/culling”. Gambaran grafik frekuensi gen dari generasi ke generasi pada populasi kecil akan lebih berfluktuasi daripada pada populasi besar.
Pertemuan Ke : 6
Pokok Bahasan : Pengaruh Seleksi terhadap Frekuensi Gen
Seleksi tidak menciptakan gen baru dalam populasi ternak. Seleksi akan meningkatkan frekuensi gen yang diinginkan/gen yang baik dan mengurangi gen yang tidak baik (tidak diinginkan). Apabila seleksi tidak dilakukan dalam populasi maka frekuensi gen akan tetap / tidak berubah.
Contoh :
P AA X aa Frekuensi gen A = 0,5
F1 Aa Frekuensi gen A = 0,5
F2 1AA, 2Aa, aa Frekuensi gen A = 0,5
F3 4AA, 2AA, 4Aa, 2aa, 4aa Frekuensi gen A = 0,5
Apabila seleksi dilakukan dengan memilih ternak AA dan Aa saja untuk diternakkan, sedangkan aa diculling / dikeluarkan, maka akan terjadi perubahan frekuensi gen A maupun gen a.
Contoh :
Pada suatu populasi ternak yang berjumlah 100 ekor terdapat fenotip normal 84 ekor dan fenotip abnormal resesif 16 ekor, maka frekuensi abnormal adalah 16/100 = 0,16 dan yang normal = 0,84
Ini berarti q2 = 0,16 frekuensi gen abnormal = q = V0,16 = 0,4
Frekuensi gen normal adalah p = 1 – q = 1 – 0,4 = 0,6
Jadi dari populasi 100 ekor tersebut terdapat :
– Ternak yang homozigot dominant = p2 x 100 = 0,62 x 100 = 36 ekor
– Ternak yang heterozigot (carier abnormal ) = 2pq x 100 = 2 x 0,6 x 04 x 100 = 48 ekor
– Ternak yang abnormal (homozigot resesif) = q2 x 100 = (0,4)2 x 100 = 16 ekor
Apabila ternak yang abnormal semuanya dikeluarkan (culled) maka ternak yang tersisa sebagai parents adalah :
36 ekor normal homozigot dan 48 ekor normal (carier) heterozigot.
Jumlah ternak = 36 + 48 = 84 dengan 168 gen
36 ternak homozigot normal (NN) membawa 72 gen N
48 ternak heterozigot (Nn) membawa 48 gen N dan 48 gen n.
Dalam populasi parents sekarang ada 72 + 48 = 120 gen N dan 48 gen n.
Maka Frekuensi gen N = p1= 120/168 = 0,71
Frekuensi gen n = q1 = 48/168 = 0,29
Dari frekuensi ini akan dihasilkan keturunan (p1 + q1)2
= (p1 )2 NN + 2 p1q1 Nn + (q1)2 nn
= (0,71)2NN + 2 x 0,71 x 0,29 Nn dan (0,29)2 nn
= 0,504 NN + 0,411 Nn + 0,09 nn
Jadi Frekuensi fenotip yang dihasilkan = 0,92 (NN dan Nn) dan 0,08 (nn)
normal abnormal
Berarti akibat seleksi (culling ternak yang abnormal) frekuensi ternak normal meningkat (dari 0,84 menjadi 0,92) sedangkan frekuensi ternak abnormal turun ( dari 0,16 menjadi 0,08).
Terhadap perubahan frekuensi gen akibat pelaksanaan seleksi/culling ternak resesif yang tidak diinginkan dapat digunakan rumus : Δq = -spq2 / (1-sq2)
Dimana : Δq = perubahan frekuensi gen resesif yang di cull
s = koefisien (intensitas) culling sifat resesif yang tidak diinginkan
(s = 1 bila semua ternak resesif di cull untuk tidak bereproduksi lagi).
p = frekuensi gen dominan
q = frekuensi gen resesif
Dari contoh di atas dimana populasi awal memiliki p = 0,6 dan q = 0,4, kemudian seluruh ternak abnormal di cull maka :
Δq = -spq2 / (1-sq2) = -1 x 0,6 x (0,4)2 / 1 – 1x (0,4)2 = – 0,6 x 0,16 /1 – 0,16 =
– 0,096/ 0,84 = -0,11
sehingga :
– frekuensi gen resesif q menjadi 0,4 – 0,11 = 0,29
– frekuensi genotip homozigot resesif atau fenotip abnormal = q2 = (0,29)2 = 0,08.
– dan frekuensi fenotip normal = 0,92 (meningkat) = 1 – 0,08 = 0,92.
-7.722319
113.495008